В Башкирском государственном аграрном университете возможно обучение на коммерческой основе полностью за счет работодателя. Предусмотрено возмещение индивидуальным предпринимателям и организациям, являющимся сельскохозяйственными товаропроизводителями до 90 процентов затрат по заключенным договорам о целевом обучении. Для этого необходимо заключить трехсторонний договор на целевое обучение между Башкирским ГАУ, предприятием и абитуриентом. Предприятие оплачивает стоимость обучения по семестрам, а затраты предприятия на обучение будут составлять только 10 процентов.